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样本保存及运输

发布:2017/6/28

目的及意义:

   对于任何科研项目来说,样本都是最宝贵的;对于任何样本来说,无缘无故地给弄混淆了、弄丢了、污染了、损失了是最揪心的。样本的采集、前处理和寄送,往往受重视的程度比较低,觉得没有二代测序过程复杂,但是实际上它的重要性不亚于测序环节,是项目成功的前提。如何把费尽心血好不容易收集来的样本稳妥、可靠、放心地寄到公司,不至于半路上降解了,或者管子破裂了,或者温度高了、标签被沾染、磨损模糊了是值得注意的。

一、通用注意事项

  1. 样本寄出前,最好给收件人去电,交代清楚各种细节,包括样本种类、数量、运输温度条件、收到后是否要立即放进冰箱保存等等。电话打完,再写一封电子邮件,把完整、详细的电子版《样本表》/公司提供的样本信息表一类的文档及时发送给收件人,把样本接收时需要关注的要点再在邮件里强调一遍。切记这两个动作不可省略。
  2. 寄送样本时,将填写完整的《样本表》/公司提供的样本信息表一类的文档打印下来,放进包装盒里一起寄。为了防止纸张沾水导致字迹模糊,把样本表和其他纸质资料装在塑料自封袋内。
  3. 为了减少DNA样本被离心管内壁吸附而造成的损失,使用低吸附离心管。在离心管的外壁和管盖上两处清楚地标明样本编号或者名称(名称越简洁越好,不易过长,不要带有特殊字符,哪怕用简单的字符或数字代替,自己对应好全称)。管子盖紧后,用parafilm膜把管盖密封包好,防止管盖意外弹开或者进水。样本管上标记的样本名称要与《样本表》/公司提供的样本信息表中的内容保持一致。这是最容易出错或出问题的环节,样本交寄前至少要再核对一次,确保准确无误。
  4. 为了防止运输过程中样本管受到挤压而破裂,把样本管放在50 mL离心管或者类似的容器里,旋紧保护管的盖子。外层的套管或大管可以起到保护作用。如果里面有空隙样本管能晃动,用少量纸或棉花等塞住,防止样本管晃荡、相互碰撞。
  5. 根据样本类型选择室温、蓝冰(冰袋)或者干冰等不同运输条件。如果采用干冰运输,用泡沫保温箱,根据预计快递所需时间,加入足够且有一定余量的干冰,盖紧后,用胶带仔细密封,尽可能减缓干冰的挥发速度。不要用液氮运输。从液氮转到干冰的过程中,样本管容易破裂。
  6. 选择最快的运输方式以避免样本在路上降解。另外,合理安排发货时间,避免样本在周六、周日、节假日、公司高温假等特殊时段到达,以免因为无人接收而导致样本在快递公司或门房滞留时间过长,导致样本损坏。

二、DNA样本

  正常或浓度适中的DNA样本可以常温运输,不会损坏。如果不放心的话,可以用蓝冰或冰袋,但是没必要用昂贵的干冰。如果不放心寄送液体样本,可以把DNA样本用冷冻干燥的方法抽干,以干粉状态运输,由收件人拿到样本后重新溶解。这种情况下,要告诉收件人详细的溶解方法,包括溶解缓冲液的种类及体积。

   低浓度DNA样本,或环境样本基因组DNA建议保持低温运输(干冰形式),此类型样本中可能附带给中离子或影响物质,对DNA有降解作用。

三、二代测序文库

  用文库构建所使用的试剂盒规定的缓冲液溶解二代测序文库。如果使用的是Illumina建库试剂盒,就用resuspension buffer(缩写RSB)溶解;如果使用的是其他品牌的试剂盒,遵照该试剂盒的说明书操作。

   与DNA样本一样,二代测序DNA文库(无论样本是DNA、RNA还是small RNA,构建成文库后,都是DNA)可以常温运输,也可以用蓝冰(冰袋)运输,不需要干冰。大量实验证明,二代测序文库常温运输,不影响测序数据的质量。

   DNA文库是短片段的DNA分子,比较稳定,不易降解。如果遭遇测序数据量比预期的少,通常是因为文库的质量有问题,而不是文库被降解。比如接头连接不完整,插入片段的一头连接有接头,一头没有;或者文库里含有无效的引物二聚体等杂质;或者DNA分子遭受化学损伤,形成了交联,比如FFPE样本,交联能降低PCR的扩增效率;或者文库浓度测定不准,导致测序上样量偏多或偏少。使用RSB溶解文库,可以提高文库浓度定量的准确度。另外,对于Illumina测序平台,使用原厂正版的建库试剂盒,有助于提高测序数据的质量和产量。

四、RNA样本

  RNA样本只能干冰运输。虽然运费贵很多,但是没有其他选择。

五、培养细胞

  如果用于提取DNA:收获培养的细胞后,离心去除培养液,用PBS缓冲液洗2次,立即置于液氮中快速冷冻。液氮冷冻半小时后,保存于-80°C冰箱。干冰运输。

  如果用于提取RNA:收获培养的细胞后,离心去除培养液,PBS缓冲液洗2次,立即用TRIzol处理获得细胞裂解液。细胞裂解液保存于-80°C冰箱,干冰运输。有关TRIzol处理的详细操作流程,请参阅TRIzol说明书。

六、新鲜冷冻组织

  如果用于提取DNA:获得新鲜的组织样本后,立即置于液氮中快速冷冻。液氮冷冻半小时后,保存于-80°C冰箱,干冰运输。

  如果用于提取RNA:获得新鲜的组织样本后,立即剪成各个方向的尺寸都< 0.5 cm的小块,然后整个浸没在5倍体积的RNAlater中,4°C浸泡过夜,然后保存于-80°C冰箱,干冰运输。详细操作流程请参阅RNAlater说明书。

七、石蜡包埋组织(FFPE)

  无论用于提取DNA还是RNA,FFPE石蜡切片样本均为常温保存,常温运输。放心,完全不需要蓝冰运输,更不需要干冰运输。通常石蜡片用于肿瘤基因筛查。为了提取出足够的DNA,每个样本需要提供8-10片石蜡片白片,每片厚4-5 μm。为了准确定位肿瘤组织,提取比较纯净的肿瘤DNA,需要同时提供一片H&E染片。染片用于定位肿瘤,白片用于提取肿瘤DNA。

八、外周血

  抗凝剂:可采用枸橼酸钠或EDTA,不建议用肝素。

   如果用于DNA提取:外周血总量≥ 2 mL。血样直接保存于-80°C 冰箱,干冰运输。溶血没有关系,不影响后续的DNA提取。如果用于血浆游离DNA的提取,外周血总量≥ 6 mL。同样保存于-80°C 冰箱,干冰运输。

   如果用于提取总RNA或小RNA,外周血总量≥ 4 mL;如果用于提取血浆游离RNA,总量≥6mL。用于RNA提取的血样,推荐3种保存和运输方法,任选其一:

   用PAXgeneRNA采血管,混匀之后保存于-80°C冰箱,干冰运输。详细流程请参阅PAXgene说明书;  

   外周血样本用TRIzolLS处理获得裂解液2,保存于-80°C冰箱,干冰运输。请参阅TRIzol LS说明书;

   从外周血分离白细胞,用TRIzol LS处理成裂解液2,裂解液保存于-80°C 冰箱,干冰运输。请参阅TRIzol LS说明书。

九、血浆和血清

  抗凝剂:可用枸橼酸钠或EDTA,不建议用肝素。

   如果用于DNA提取:血浆或血清总量≥ 2 mL。样本直接保存于-80°C 冰箱,干冰运输。

   如果用于提取总RNA或small RNA:血浆或血清总量≥ 2 mL。血浆和血清样本可以用TRIzol LS处理获得裂解液2,裂解液保存于-80°C冰箱,干冰运输。详细流程请参阅TRIzol LS说明书。

十、注意

  1. TRIzol与TRIzol LS是两种不同的试剂。TRIzol适用于固体样本;TRIzol LS适用于液体样本。不可搞错。
  2. 液体样本使用TRIzol LS,不建议使用RNAlater,不可错用TRIzol。
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