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常见问题

发布:2017/9/27

Q1:如何选择测序平台?
A1:当下用于科研服务的测序平台以Illumina公司提供的Hiseq和Miseq为主,对于肠道微生物检测来说,主要有多样性和元基因组两个项目。对于元基因组项目,因为涉及到拼接,所以对测序长度要求不高,但是单样品的测序量较大,所以可以选择测序长度短但通量高的Hiseq平台。而对于多样性项目,单样品测序量很少,但是对测序读长要求较高,所以最优选择是Miseq的2*300bp的平台。

Q2:细菌在测序时测那个区域最好?
A2:很多人测序时只考虑价钱,测那个区都是由公司决定,这样做的风险很大。细菌有9个可变区,这9个可变区合在一起可以对细菌进行分类地位鉴定。当然,利用7个或者4个或者1个可变区也可以鉴定细菌的分类地位,但是可变区越少,鉴定的准确度越低;这9个可变的长度也各不相同,所测可变区的长度越长,鉴定的准确度越高;但是受到测序平台读长的限制,目前适用于多样性分析性价比最高的测序平台为Miseq 2*300bp,该平台的测序长度为600bp,可以测细菌的V3-V4区,而V3-V4区也是做人的肠道微生物种最常用两个可变区。

Q3:如何选择一家好的生物公司?
A3:当前社会上生物公司很多,评价一个公司的水平首先考虑该公司是否有自己的实验室、自己的测序平台,如果所有操作都是公司独立完成的,那么公司对项目的质量、周期以及售后容易控制;其次,看公司从业人员的专业背景,微生物像RNA一样敏感,空气接触、温度改变、抽提方法等都会改变样品中微生物的真实比例,所以和有微生物研究经验的公司合作,有利于项目的顺利开展;第三是分析,各公司对外展示的分析内容都类似,但是真的按照那个分析内容做出的结果直接发文章是不太现实的,科研没有那么好做,对数据的挖掘需要经验和时间,所以能否为项目量身打造可以直接发表文章的结果才是最重要的。

Q4:结合临床做菌群研究的常见课题类型有哪些?
A4: 与临床相关的研究类型多从以下几个方面入手,
1)流行病学调查(横断面菌群组成调研);
2)疾病状态菌群差异分析(正常人与病人菌群比较);
3)疾病不同状态菌群变化趋势分析(时间点的动态监测);
4)药物疗效评价(药物治疗前后菌群变化趋势);
5)菌群移植治疗特殊疾病;
6)构建老鼠模型研究疾病与菌群的关系。

Q5:菌群的文章可以发表在那些杂志上?
A5:与肠道菌群相关的常见杂志列表如下,

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