多样性项目介绍

  人从生下来到化为一缕尘埃都在跟微生物打交道。这些生活在人体内外的微小生命已经成为了我们不可或缺的一个“器官”,失去它们,身体的正常机能将受影响。

  人体许多部位(如:口腔,皮肤,鼻腔,生殖道,肠道等)都生活着大量微生物,其中80%都生活在肠道中。微生物“定居”在人体各部位上各司其职,占据着各自的“生态位”,维系着人体微生态平衡。同时,不同种类微生物的此消彼长,将导致机体出现各种状况。

  微生物在人体中的作用被逐渐重视,疾病与微生物的关系也不断被揭示。人体微生物的研究热潮越掀越高,为合理膳食,病理研究,药物研发,保健食品开发等提供理论基础和实践依据。

  人体微生物多样性研究依附高通量测序技术,通过微生物16S/18SrRNA基因可变区、转录间隔区(ITS)或某些功能基因的特异区域进行引物设计,从而获取目标区域基因,利用高通量测序平台进行多样本并行测序,得到序列信息,通过生物信息学分析,展示相关结果。

实验主要流程:

态昌基因技术优势:

 

信息分析

送样要求

  样品类型 1:环境样本(请使用干冰运送)

  1)粪便:人粪便≥ 2g; 小鼠粪便:≥ 2颗;

  2)血液:10mL;

  3)拭子样本 2 个以上;

  4)组织样本≥ 1g;

  样品类型 2:DNA 样品(请使用干冰或冰袋运送)

  1)DNA浓度 ≥20 ng/μL,体积必须>50 μL;

  2)有明显主带,无降解,无RNA、蛋白质等杂质污染(告知测量浓度的方法,以便判断数值的可靠性);

  3)特殊样本抽提的DNA样本且浓度不满足1)中的,请咨询技术支持。

部分结果展示

  Lefse分析

  左图为统计两个组别当中有显著作用的微生物类群通过LDA分析(线性回归分析)后获得的LDA分值。右图为聚类树,红色区域和绿色区域表示不同分组,树枝中红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群,绿色节点表示在绿色组别中起到重要作用的微生物类群,黄色节点表示的是在两组中均没有起到重要作用的微生物类群。图中英文字母表示的物种名称在右侧图例中进行展示。

  热图(Heatmap)

  使用随机森林算法或Wilcoxon秩和检验分析挑取各组样本中存在显著差异OTU。 根据挑选出来的差异OTU,根据其在每个样品中的丰度信息,对物种进行聚类,绘制成热图,便于观察哪些物种在哪些样品中聚集较多或含量较低。

©2017 上海态昌基因有限公司 电话:021-54106892 邮箱:market@itechgene.com 沪ICP备17033963号 点击这里给我们发消息